Produkter

Patogene molekylære veier ved cirrhotiske leversykdommer som hepatitt C-virus (HCV), autoimmun hepatitt (AIH) og primær biliær cirrhose (PBC) er dårlig karakterisert.Differensielt uttrykte gener er ofte viktige i sykdomspatogenesen.Suppression subtractive hybridization (SSH) er en genomomfattende tilnærming som beriker for differensielt uttrykte mRNA-transkripter.Vi hadde som mål å gjøre nye observasjoner av differensielt genuttrykk i skrumplever ved bruk av SSH kombinert med kvantitativ sanntids revers transkriptase-polymerasekjedereaksjon (RT-PCR).Levertranskriptomer ved HCV-cirrhose, AIH-cirrhose, PBC og ikke-sykt levervev ble undersøkt med SSH.Resulterende komplementære DNA (cDNA) kloner ble screenet på nytt for differensiell ekspresjon ved dot-blot hybridisering og deretter sekvensert.Utvalgt genuttrykk ble kvantifisert ved sanntids RT-PCR.Etter SSH ble 694 kloner screenet på nytt for differensiell genekspresjon, hvorav 145 ble sekvensert og funnet å stamme fra 89 forskjellige gener.Syv kloner var homologe bare med uttrykte sekvensmerker (EST)-sekvenser som koder for gener uten kjent funksjon.Oppregulert ekspresjon av fire gener ble bekreftet ved sanntids RT-PCR: transmembran 4 superfamiliemedlem 3 (tetraspanin CO-029) i alle former for skrumplever, pinnsvin interagerende protein (HIP) i AIH skrumplever og kitinase 3-like-1 (HC gp-39 eller ykl-40) og arginin-glutaminsyre-repetisjon (RERE) ved HCV-cirrhose.RERE-genpolymorfismer og spleisevarianter ble observert i alt undersøkt vev.Tetraspanin CO-029 oppregulering var primært lokalisert til gallegangceller.Avslutningsvis ble nye observasjoner av differensielt genuttrykk i menneskelig cirrhose gjort ved å bruke SSH som det primære oppdagelsesverktøyet.Spesielt er ytterligere studier av RERE-genet og dets produkter ved HCV-assosiert leversykdom berettiget.