Produkter

Vi har nylig rapportert at pyrennukleotid fortrinnsvis settes inn på motsatt side av et abasisk sted, 3'-T av en tymin-dimer, og de fleste uskadede baser av gjær-DNA-polymerase eta (pol eta).Fordi pyren er et ikke-polart molekyl uten H-bindingsevne, tilskrives den uvanlig høye effektiviteten av dPMP-innsetting dets overlegne basestablingsevne, og understreker viktigheten av basestabling i valget av nukleotider av pol eta.For å undersøke rollen til H-binding og basepargeometri i utvalget av nukleotider ved pol eta, bestemte vi innsettingseffektivitetene til de basemodifiserte nukleotidene 2,6-diaminopurin, 2-aminopurin, 6-klorpurin og inosin som ville lag et annet antall H-bindinger med malbasen avhengig av basepargeometri.Watson-Crick-baseparing ser ut til å spille en viktig rolle i utvalget av nukleotidanaloger for insersjon motsatt C og T, noe som fremgår av reduksjonen i den relative insersjonseffektiviteten med en reduksjon i antall Watson-Crick H-bindinger og en økning i antall donor-donor og akseptor-akseptor-interaksjoner.Selektiviteten til nukleotidinnsetting er større motsatt av 5'-T enn 3'-T til tymin-dimeren, i samsvar med tidligere arbeid som antyder at 5'-T holdes mer stivt enn 3'-T.Videre ser det ut til at innsetting av A overfor begge T-ene til dimeren er mediert av Watson-Crick-baseparing og ikke av Hoogsteen-baseparing basert på de nesten identiske innsettingseffektivitetene til A og 7-deaza-A, hvor sistnevnte mangler H- bindingsevne ved N7.De relative effektivitetene for innsetting av nukleotider som kan danne Watson-Crick-basepar er parallelle med de for Klenow-fragmentet, mens Klenow-fragmentet diskriminerer sterkere mot feilparringer, i samsvar med dets større formselektivitet.Disse resultatene understreker viktigheten av H-binding og Watson-Crick basepargeometri i seleksjonen av nukleotider av både pol eta og Klenow-fragmentet, og den mindre rollen til formseleksjon ved innsetting av pol eta på grunn av dens mer åpne og mindre. begrenset aktivt nettsted.